Sverige slogs mot Danmark och den tyska staden Lübeck om kontrollen över Baltikum och den lönsamma handeln i Östersjön. Kriget fördes till stora delar till sjöss 1563-1570. Ett flertal sjöslag utkämpades varav de två största var de vid Öland i maj 1564 och vid Bornholm i juli 1565.
I slaget vid Öland deltog 25 dansk-lybska fartyg och 16 svenska. Danskarnas numerära övertag uppvägdes till viss del av svenskarnas effektivare artilleri. I striderna förlorade svenskarna sitt stora amiralsskepp Mars då en kanon exploderade och satte eld på fartyget. Ett stort antal lybeckare hade tagit sig ombord på Mars när elden nådde krutförrådet. Nästan 1000 svenskar och lybeckare dog.
Den största enskilda förlusten av fartyg under kriget inträffade 1566, inte i ett sjöslag utan i samband med en begravning. Under ett mindre sjöslag vid Ölands norra udde hade en dansk adelsman stupat. Den danske amiralen ville att begravningen skulle ske till lands varför den dansk-lybska flottan ankrade upp utanför Visby på Gotland. Vinden vände och övergick till storm vilket medförde att 11 danska och 3 lybska fartyg kapsejsade eller krossades mot land och ca 1500 man dog.
Kriget fick ingen tydlig vinnare, båda sidor led stora förluster både vad gäller fartyg och manskap. I freden som slöts i Stettin 1570, fick Sverige bland annat betala en lösensumma för att få tillbaka Älvsborgs fästning.